Bryan Singer dirige una nueva aventura en la que, además de los personajes principales, hay una generación de jóvenes mutantes que lucha por la tolerancia, contra el miedo y la desconfianza a lo desconocido. Un ataque mutante al presidente brinda al general William Stryker (Brian Cox) la oportunidad de desencadenar la guerra contra los mutantes. Una guerra en la que solo puede haber un vencedor. El profesor Xavier (Patrick Stewart), Lobezno (Hugh Jackman), Tormenta (Halle Berry) y los demás X-Men tendrán que unir fuerzas con su adversario Magneto (Ian McKellen), para evitar una confrontación que los podría destruir a todos.