La Enterprise regresa a la Tierra como consecuencia de un controvertido incidente galáctico. Pero un devastador atentado terrorista ha puesto de manifiesto una alarmante realidad: la Flota Estelar está siendo atacada desde dentro, y las consecuencias van a sumir al mundo entero en una grave crisis. El capitán Kirk dirige a la nave Enterprise en una misión sin parangón, que los lleva desde el planeta de los Klingon hasta la bahía de San Francisco. A bordo de la nave, el enemigo infiltrado entre ellos posee un impresionante talento para la destrucción. Kirk les guiará hasta un mundo difuso lleno de dudas y espejismos donde nunca antes habían estado, moviéndose por la delgada línea que separa al amigo del enemigo, a la venganza de la justicia, a la guerra sin cuartel y el infinito potencial de un futuro en común.