Tras la victoria depués de la lucha en Mortal Kombat, la tranquilidad ha vuelto a la Tierra. Pero por poco tiempo, porque el Emperador del mundo exterior ha encontrado una puerta de acceso a nuestro mundo y viene para acabar con la raza humana. Ahora todo está en manos de los luchadores de Mortal Kombat y de que consigan acabar con él y sus secuaces. La lucha esta servida y será a muerte.